Im allgemeinen gilt, dass alle Fisteln im Bereich des Steißbeins operativ entfernt werden sollten. Dies geschieht üblicherweise unter Vollnarkose. Da sich hinter einer Steißbeinfistel sehr oft eine Dermoidzyste verbergen kann, sollte eine radikale Excision (= ausschneiden) zur Vermeidung eines Rezidivs (= erneutes Auftreten) durchgeführt werden. Der Hautschnitt wird in ovaler Form um den Abszess herum gesetzt. Die Fistel muss dann breit umschnitten werden. Die Schnittführung muss bis auf die Knochenhaut des Steißbeins reichen. Erst hier werden die Haut und das Fettgewebe mit dem Fistelkanal scharf von der Knochenhaut abgetrennt. Das Abschaben des restlichen Gewebes von der Knochenhaut ist ein entscheidender Schritt, um das Auftreten eines Rezidivs zu vermeiden. Im Anschluss daran bleibt die Wunde offen.
Wenn nur eine kleine Fistel mit geringen Entzündungszeichen vorhanden war, kann eine primäre (in der selben operativen Sitzung) Naht bzw. primärer Hautverschluss durchgeführt werden.